御手洗神社の鳥居前に神木として植栽されている巨樹である。樹高は約12mで、株は主幹を中心とする幹の群と北東側にやや離れて斜上3本の支幹が集まって大きな株にまとまっている。幹の内部には空洞がある。胸高幹囲は全幹まとめて7.8m、主幹群のみで5.8mである。支幹の幹囲も1.23m～1.65mあり、県内最大のナギといわれている。雌株で秋には結実する。

所在地：三重町上田原947
指定年月日：昭和47年3月21日

三重町白谷区白山神社奥の穴権現社(あなごんげんしゃ)は、黒岳の急斜面にあり、周囲は自然林に覆われている。岩角地にはユズ・カヤ・クスドイゲ・ナンテン・オオクサボタン等を伴う石灰岩地特有のアラカシ林がある。また、谷の堆積斜面には、高・亜高木層にイヌマキ・ヤブツバキ・カゴノキなど低木層にアオキ・イヌガヤ・コショウノキなどがあり、草本層はヒメカナワラビ・イノモトソウ等で構成されている。

所在地：三重町大白谷1625
指定年月日：昭和47年3月21日

三重町中津留区鹿毛(ししけ)の愛宕社の社叢で、スダジイを主体とした自然林である。高木層はスダジイが優占種で林冠部の80%を覆う。亜高木層はヤブツバキ・カゴノキ・イスノキなどがある。低木層はネズミモチ・ヒサカキなどの一層とヤブコウジの二層に分かれる。草本層はナガバジャノヒゲがある。なおスダジイは高木層だけでなく、亜高木層以下の各階層に生育している。内陸部に少ないスダジイ林として貴重な自然林である。

所在地：三重町中津留142
指定年月日：昭和48年3月20日

三重町内田区内田神社の境内に神木のイチイガシの巨樹がある。樹齢は推定800年、胸高幹囲5.2m、樹高約30m、樹形は整っておりブナ科の常緑樹であるイチイガシの特性を発揮している。南側の株元に口径90cm程の空洞があるが樹盛は旺盛である。この地域のかつての森林構成種の一樹木として貴重な樹種である。

所在地：三重町内田4590
指定年月日：昭和53年3月31日

清川町御嶽山の山麓にある原生林。ウラジロガシ=サカキ群集やアカガシ=ミヤマキリシマ群集など、学術的にも貴重な山林が残されている。

所在地：清川町宇田枝
指定年月日：:昭和37年2月27日

有尾両生類のサンショウウオ科に属し、山地の渓流にすみ、奈良県大台ヶ原、高知県魚梁、愛媛県石鎚山、鬼ヶ城山と当地祖母・傾山系に生息する西南日本外帯の固有種である。体長は15～18cmで背面は灰黒色で紋はなく腹面は赤紫色である。尾平、昌洞谷で見ることができる。

所在地：豊後大野市内祖母・傾山
指定年月日：昭和33年3月25日

健男社は上畑標高450mの山麓に位置する。参道には杉の巨木が並木をつくり、神殿の背後地にはモミの巨木を優占種とする自然林が残されている。近年林業開発により消滅のモミ林の貴重な残存林として学術的価値は高い。

所在地：緒方町上畑948-1
指定年月日：昭和52年3月31日

大野町安藤地区にある矢形神社境内にはヒノキが植栽されているが、ウラジロガシとイチイガシをそれぞれ優占種とする林が残されている。ウラジロガシは巨樹が1本であるが林冠を多い、高木層から草木層の優占種ウラジロガシ-カゴノキ-クロキ-ヤブコウジ-シャガで代表される林分がある。またイチイガシ林はイチイガシ-タブノキ-クロキ-ヤブコウジ-シャガで代表される林分であり常緑広葉樹林として貴重である。

所在地：大野町安藤
指定年月日：昭和49年3月19日