広瀬区天神社の社叢は面積はあまり広くないが、参道の両側と社殿の周りに自生したコガ・ムク・クロガネモチ・イチイガシ・クス・スギ等各種の巨木がある。ムクは樹齢推定千年を越すと思われ、胸高幹囲5.5mである。コガは4.2m、幹に空洞があるが樹勢は旺盛である。クロガネモチは幹周り2.2m樹高約28mの大樹で他に類を見ないものである。イチイガシ・ムク等も巨大なものが数本あり社叢をなしている。

鬼塚区の国道沿いに所在する年神社境内に神木としての巨木群がある。エノキ・ムク・フジがあり、3種11本がある。人為的で下草が乏しい状態であるが、特にエノキの巨木(胸高幹囲3.15m、高さ20m)やムク(胸高幹囲2.9m、高さ18m)は、巨樹として貴重である。

奥畑区本村の熊野神社境内に自生する原生林で、社殿から参道50m手前の周囲約1haに鬱蒼と茂る。高木層はイスノキ・スダシイ・アカガシ・タブ、亜高木層はモチノキ・カゴノキ・ツバキ、低木層はアオキ・ヒサカキ・ミヤマシキミ・草本層はテイカカズラ・ジャノヒゲ等が挙げられる。上部照葉樹林植物社会の残存林で、アカガシ=ミヤマシキミ群集とシラカシ=サカキ群集のイス亜群集の二つの植物社会が共存している貴重な森林である。

大原区の通称モミノキ山と呼ばれ、主体のモミの木は幹回りも太く相当の年数が推定される。高木層としてモミの他エノキ・ケヤキがみられ、亜高木層としてカゴノキ・アカメガシワ・クスノキ、低木層としてクロキ・アオキ・イヌビワ、草本層としてネザサ等で構成されている。低木層や草本層が高木層に比べ貧弱でこれまでに何回か伐採されたものと考えられる。モミは48本あったが倒れかかっていた5本を平成8年度の公園整備で伐採し、残り43本が現状で残されている。

 下小坂区の愛宕社境内に自生している巨木で、イヌマキ・アラカシをはじめ、タブ・カゴノキ・スギ・ヤブツバキの6種18本がある。このうちスギを除いた5種は穴権現社叢に優占度が高い状態で見られることから、かつては穴権現社のようなイヌマキやアラカシの林分の見られる鬱蒼とした森に覆われていたものと推測されている。人為的で下草が乏しい状態であるが、特にイヌマキやアラカシの巨木(胸高幹囲324cm)は、巨樹として貴重である。

所在地:三重町小坂(下楠牟礼)
指定年月日:平成17年3月31日市指定(平成13年2月28日三重町指定)

中尾地区に所在するナギの巨木で、樹高約8m、胸高幹囲2.2m、雌株である。ナギはマキ科マキ属の常緑の高木で、西日本に分布する。山中に自生するものもあるが、神社・仏閣・庭園に植栽されることが多い。

所在地:清川町雨堤
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和54年10月1日清川村指定)

宇田社の社叢は常緑広葉樹の植物社会の構成種を含み、その残存林として貴重な社叢である。ヤブツバキ・カゴノキ・アラカシ・カヤなどが生育し、林床にはチャルメルリウ・ビナンカズラ・イワタバコ・テイカカズラ・チヂミザサ・ジャノヒゲなどのスダジイ群団の植物や陰地植物が生育している。神殿に向かって右側崖下に生育するヤブツバキは樹高12m、胸高幹囲0.66mと大きなものである。

中村地区の愛宕社の石段にあるヤブツバキで、ツバキ科ツバキ属の常緑の高木である。土砂の流失により根と幹が大きく傾いており、支柱が設置されている。樹高約10m、胸高幹囲1.9mで、左右に10～15mの枝を広げている。

所在地:清川町三玉(中村)
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和54年10月1日清川村指定)

宮津留区の健男社境内にあるイチョウの巨木で、胸高幹囲9.1m、上部は強風で折れたため5m以上を残して切断している。イチョウ科イチョウ属の一属一種で生きている化石といわれている。

所在地:清川町六種
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和54年10月1日清川村指定)

小原地区の市道沿いの歳神社に所在するムクノキで、ニレ科ムクノキ属の落葉高木である。境内に3本あるうち社殿側のものが胸高幹囲6.8m、ほかに3.8m、2.2mのものがある。

所在地:清川町六種
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和54年10月1日清川村指定)

 井崎で生息が確認されたサンショウウオで、大分県内外に分布している。体長15cmくらいで最近は個体数が減少している。

所在地:清川町宇田枝
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和54年10月1日清川村指定)

宇田枝の奥嶽川沿岸に所在する大野川層群で、砂岩と頁岩が交互に縞状に重なる崖が見られる。約1億年前の中生代白亜紀の頃に海底で堆積した砂と泥が起源となったもので、アンモナイトやイノセラムスなどの化石が見つかることもある。

所在地:清川町宇田枝
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和63年10月1日清川村指定)

左右知の御嶽に向かう林道の奥に生育するイチイガシの巨木である。ブナ科コナラ属の常緑の高木で、総高12m、胸高幹囲10mである。幹の中心に空洞があり、中に祠が祀られている。大分県特別保護樹木にも指定されている。

所在地:清川町左右知
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和63年10月1日清川村指定)

伏野区の県道沿いにあり、旧道の両側に相対して生育する2本のクヌギである。ブナ科コナラ属の落葉高木で、このクヌギは幹直径70cmで大きなものである。

所在地:清川町伏野
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和63年10月1日清川村指定)

柏野の木南切の市道脇、轟地区に向かって右側にあるエノキの巨木で、ニレ科エノキ属の落葉高木である。東西に枝が分かれており、西側の枝は樹高15m、東側の枝は8m程で、胸高幹囲5.5mである。

所在地:清川町平石(柏野)
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和63年10月1日清川村指定)

緒方町尾平にある大野川の支流奥岳川上流の渓谷で、日本の森林浴の森百選に選ばれている。川上渓谷は、祖母山系に源を発する川上本谷、ウルシワ谷、三枚谷、ウラ谷などの幾筋もの渓谷が合流し形成され、深い谷間には、かつて地中の深い場所で固まったマグマのあとである花こう岩の白い岩肌が姿を見せています。渓谷のまわりは、アカマツ・ミズメ・楓類・ヒメシャラ・ツガ・モミ・ハイノキなどに覆われており、豊かな自然林を堪能することができる。また、渓谷に沿って祖母山登山道の宮原コース・黒金尾根コースがある。

所在地:緒方町尾平
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和47年6月29日緒方町指定)

岡藩主中川入山公(久清)は、儒学者熊沢蕃山を招聘して藩の産業振興をはかった。その助言の折、鹿児島よりアカ樫の苗を取り寄せ植林を行ったといわれる。現在樹齢400年の樫の巨木が繁っている。他にケヤキ、ヒメシャラ、ナラの大木もある。植林の目的は水源涵養のためと鉄砲の台尻するための二説がある。

所在地:緒方町大石
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和47年6月29日緒方町指定)

上尾塚田尾地区の墓地にあるマキの巨木で、樹高17m、胸高幹囲5mである。樹形から成長期にその主幹が剪断されたことが推定され、その萌芽が現在の枝ぶりとなっている。

所在地:朝地町上尾塚(大形)
指定年月日 平成17年3月31日市指定(平成6年4月22日朝地町指定)

八坂神社境内の社叢は多くの巨木がある。樹高38m、胸高幹囲5.41mのスギをはじめ、マツやケヤキなどが自生している。

所在地:大野町大原住吉
指定年月日: 平成17年3月31日市指定(昭和48年3月31日大野町指定)

門上神社境内の社叢で、特に樹高26.7m、胸高幹囲4.98mのムクの巨木がある。

所在地:大野町北園
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和48年3月31日大野町指定)

川南区の神社境内に所在するナギの木で、樹高19m、胸高幹囲2.5mである。県央飛行場脇のため航空機安全上の高さ制限を超えた場合、枝を落としを定期的に行っている。

所在地:大野町田代(川南)
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和48年3月31日大野町指定)
 

中原区の宅地跡に所在するイチョウの大木で、高さ35m、胸高幹囲8.25mである。乳房状の根が至る所より下がっており、戦時中は乳房状の樹皮を煎じて飲むと母乳が出るようになると信仰されていた。

所在地:大野町中原
指定年月日:平成17年3月31日市指定(平成2年3月31日大野町指定)

所在地:千歳町新殿(平)941
指定年月日:平成17年3月31日市指定(昭和46年3月31日千歳村指定)